Latarnia morska to konstrukcja zbudowana na małej wyspie położonej na Nieskończonym Morzu. Jedynym znanym więźniem był dr Julien, który został uwięziony przez Samukaia, by tworzyć pojazdy dla Armii Szkieletów. Lewiatan został przykuty do dna oceanicznego w pobliżu wyspy, aby zapobiec ucieczce swojego więźnia.
Więzienie zostało ostatecznie odkryte przez ninja w drodze na Mroczną Wyspę. Po ich przybyciu Zane połączył się ze swoim ojcem, doktorem Julienem, i weszli do latarni morskiej, gdzie Julien wyjaśnił swoją przeszłość i opowiedział im o Lewiatanie. Ninja pracowali razem, próbując uciec przed Lewiatanem, ale potężne stworzenie próbowało zniszczyć Perłę Przeznaczenia. Na szczęście Zane uwolnił bestię, która uciekła z miejsca zdarzenia, pozwalając ninja uciec z doktorem Julienem.
Długo po uwolnieniu Juliena ninja znaleźli się w konflikcie z Podniebnymi Piratami, a złowrogi Djinn uwięził ninja w Ostrze Dżina. Kiedy Jay i Nya byli jedynymi ninja, którzy pozostali, schronili się w latarni morskiej, gdzie spotkali klona Zane'a , Echo Zane'a . Z jego pomocą Jay i Nya zorganizowali walkę z Podniebnymi Piratami, ale ostatecznie zostali przytłoczeni, a Nya została schwytana. Jay opuścił wyspę przez portal i utworzył szmacianą ekipę, by uratować ninja.
Po poświęceniu się Nyi i odejściu do morza Jay przeprowadził się do latarnii.
Rok po odejściu Nyi Kai, Cole i Zane polecieli do latarnii by przekonać go do powrotu do drużyny. Ten początkowo odmawia, jednak po zrozumieniu, że Nya nie chciała żeby się poddali, dołącza on do drużyny i wracają do klasztoru.
Tego samego dnia Nya po przywróceniu pamięci płynie do latarnii morskiej i szuka Jay'a. Po zobaczeniu jego obrazu na którym ma brodę, zastanawia się, jak długo jej nie było. Gdy zaczyna tracić kształt wraca ona do morza.