Jay wchodzi do jednego z sklepów i próbuje kupić coś do jedzenia. W sklepie dostępny jest tylko automat z jedzeniem w którym są Ninja-Chipsy. Produktem zainteresował się Ninja Błyskawic, który próbował je wyciągnąć z automatu za pomocą błyskawic. Przy okazji słucha wywiadu z Komisarzem Policji w telewizji. Następnie ucieka z sklepu. Następnego dnia Ninja na Smokach Żywiołów przegrupowują się w starym Klasztorze Ninja.
W tym samym czasie w stolicy policjanci przesłuchują Misako. Ta nic nie mówi policjantom, a wręcz próbuje ich przekonać o niewinności Ninja. Kiedy jej się to nie udaje, funkcjonariusze wychodzą, a przychodzi Nadakhan. Dżin podstępem wyłudza od niej miejsce położenie Kryształu Krainy po czym porywa ją i więzi w Lampie Tyrrahn. Następnie policjanci zauważają jej zniknięcie, a chwilę później komisarz dowiaduje się o aktywności telefonu Kaia. Namierzają komórkę i ruszają po jej właściciela. Na miejscu okazuje się, że to była pułapka, a Ninja Ognia przykleił komórkę do szczura.
Zane i Lloyd wybierają się do Biblioteki Domu, gdzie Ninja Lodu przekazuje Zielonemu Ninja informacje o Lampie Tyrrahn. W tym momencie Nindroid zostaje zhakowany przez Ronina, który wcześniej zawarł umowę z komisarzem. Po chwili łapie także Lloyda. Niedługo później w R.E.X.IE goni Kaia i Nyi. Pościg kończy się złapaniem rodzeństwa. Potem wybiera się do Mega Potwornego Parku Rozrywki gdzie są Jay i Cole. Ninja tam dowiadują się, że Djin posiada umiejętność zmiennokształtności po czym zostają złapani przez najemnika.
W tym samym czasie Nadakhan znajduje Kryjówkę Ninja w Labiryncie Hiroshiego i kradnie z niej Kryształ Krainy. Następnie Ninja są dostarczeni komisarzowi, który każe ich zawieść autobusem więziennym do Kryptarium. Całemu zdarzeniu przypatruje się Nadakhan.
Ninja muszą dowiedzieć się jak najwięcej o Nadakhanie, zanim ten znajdzie wielki kryształ i uratuje swoją załogę. Uznani za wrogów świata, który niegdyś chronili, ninja odkrywają, że są ścigani przez dawnego przyjaciela, Ronina.